日本在线居留证明发放服务的具体流程如下：
1. **申请个人号码卡（マイナンバーカード）**：在线申请居留证明的前提是必须拥有个人号码卡。这张卡包含个人的号码、姓名、出生日期和居住地址。
2. **注册用户信息**：在进行在线申请之前，需要提前在网上完成用户注册。
3. **申请在留资格认定证明书**：
- 通过学校或其他机构向日本法务省的各地入境管理局申请“在留资格认定证明书”。
- 审查结束后，“在留资格认定证明书”会通过电子邮件发送给申请人。
4. **领取在留资格认定证明书**：
- 可以选择在窗口领取纸质证明书，或者在线领取电子化的证明书（e-证明书）。
- 收到的电子邮件本身就是电子版的“在留资格认定证明书”。
5. **登记收到的证书**：在入管局的系统中登记收到的电子版证书，完成整个过程。
6. **入境手续**：
- 入境人员登录“Visit Japan Web”网络服务平台，填写和提交“外国人入境记录（ED卡）”及“携带物品·另外邮寄物品申报书（Customs Declaration）”。
- 通过生成的二维码（QR码）完成入境审查及海关申报。
通过以上步骤，申请人可以完成从申请到领取在留资格认定证明书的全部流程，并在入境时完成相关手续。
