1903年4月京都帝国大学的分部京都帝国大学福冈医科大学成立，这就是九州大学的前身。当时由于国家百废待兴，从财政、购地、校舍建筑各方面均力不从心，所以在8年之后也就是1911年方正式挂出九州帝国医科大学，同时还设有九州帝国工科大学，这是今天九州大学能成为综合性大学的基础。1947年改名为九州大学。1949年，包含位于福冈地区的旧制九州大学，再加上九州大学附属医学专门部、福冈高等学校、久留米工业专门学校成为新制的九州大学。旧福冈高等学校的设施与教职员并入九州大学第一分校（1955年与第二分校整合为九州大学分校，1963年开始称为教养部），旧久留米工业专门学校设为第二分校（1955年与第一分校合并），旧陆军步兵第四十八连队兵舍遗址则设为第三分校（于1951年废止）。2003年根据法律第29号吸收九州艺术工科大学，2004年根据国立大学法人化，从原本由国家直接设置管理的国立大学转为国立大学法人。
九州大学校区相对比较集中，除了一些附属研究设施和实习基地，如农场、林场、海洋火山观察所等分布于九州及九州以外地区，教学、研究、行政基础设施均在福冈市内。为了追赶新技术革命的迅猛发展形势，日本政府近来把能源、宇宙科学、癌三大重点尖端研究项目交给基础雄厚的几所国立大学进行，九州大学亦是其中之一。比如在室内核聚变进行新能源开发这一项目中，日本政府每年不惜投资100亿日元用于设备改造和加强研究力量。
九州大学的超导、等离子体有关部门积极加入了这一重大工程的研究。另外，在海洋、火山、地震预测方面，九州大学在日本西部九州地区有完善的预测网。在癌的研究上，生医所已就癌的致因、诊断、治疗等方面与其它大学合作，取得了可喜的进展。九州大学历来有良好的学风，治学严谨，重视学生的实习和实践，教师重视启发式教学，毕业生十分受用人单位欢迎。可以毫不夸张地说，今天的九州大学已名副其实地成了日本西部地区一所举足轻重的高等学府。
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